Tanaman labu susu atau butternut pumpkin (Cucurbita moschata (Duchesne) Poir ‘Butternut’) merupakan komoditas tanaman holtikultura yang berpotensi besar untuk dikembangkan sebagai bahan pangan dan obat. Tanaman labu memiliki nilai gizi yang baik bagi tubuh manusia. Buahnya memiliki beberapa komponen nutrisi antara lain polisakarida, protein, asam amino esensial, karotenoid, vitamin A, B2, C dan E, antioksidan, dan mineral. Diperlukan peningkatan hasil produksi labu susu yang unggul untuk memenuhi kebutuhan yang terus meningkat melalui pemuliaan tanaman yang dilakukan sepanjang tahun pada areal yang luas. Namun terdapat beberapa kendala yang muncul yaitu adanya variasi baik genotip maupun fenotip. Variasi genetik pada tanaman labu susu akan menyebabkan bentuk buah labu beranekaragam sehingga diperlukan analisis tentang ciri genetik pembeda untuk mendapatkan bentuk buah labu susu sempurna seperti gitar (dumbbell).
Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui kestabilan adaptasi karakter fenotip tanaman labu susu yang dibudidayakan di 3 lokasi yang berbeda menggunakan analisis data kuantitatif sidik ragam (One Way ANOVA) dengan RAK serta analisis kualitatif melalui deskripsi fenotipik. Analisis variasi genetik dilakukan dengan menggunakan metode PCR-ISSR dengan menggunakan primer UBC 807, UBC 809, UBC 810, dan UBC 841. Analisis hubungan kekerabatan fenetik menggunakan program MVSP 3.1. Berdasarkan hasil yang diperoleh tanaman labu susu memiliki karakter fenotip kualitatif dan kuantitatif yang seragam tetapi belum stabil dalam bentuk buah dan ukuran. Tanaman labu susu galur murni kedua dan ketiga tidak terdapat perbedaan yang signifikan sedangkan tanaman labu susu galur murni pertama memiliki perbedaan signifikan dengan galur kedua dan ketiga. Buah dengan bentuk paprika (dumbbell) merupakan hasil ekspresi karena pengaruh faktor lingkungan, bersifat plastis, tidak mengubah struktur genetik, dan tidak diwariskan ke keturunannya sedangkan bentuk leher angsa (pyriform) merupakan hasil ekpresi karena segregasi gen yang diwariskan ke keturunannya.
Hasil analisis PCR- ISSR diperoleh 42 pita DNA teramplifikasi dengan 14 pita DNA polimorfik dan 28 pita DNA monomorfik. Berdasarkan hasil visualisasi PCR-ISSR dengan menggunakan primer UBC 807 diperoleh 9 pita DNA yang berukuran 181- 1447 bp. Tujuh pita DNA monomorfik dan 2 pita dengan ukuran 181 bp dan 343 bp merupakan pita DNA polimorfik. Pada PCR-ISSR primer UBC 809 diperoleh 11 pita DNA yang berukuran 152-900 bp. Kesebelas pita DNA yang dihasilkan merupakan pita DNA monomorfik yang identik. Berdasarkan hasil visualisasi PCR-ISSR primer UBC 810 diperoleh 12 pita DNA yang berukuran 282-2143 bp. Lima pita DNA yang dihasilkan merupakan pita DNA monomorfik dan 7 pita merupakan pita DNA polimorfik sedangkan PCR-ISSR primer UBC 841 diperoleh 10 pita DNA yang berukuran 220-2220 bp. Lima pita DNA yang dihasilkan merupakan pita DNA monomorfik dan 5 pita dengan ukuran 220-600 bp merupakan pita DNA polimorfik.
Variasi genetik tertinggi dihasilkan oleh primer UBC 810 dan UBC 841 dengan persentase polimorfik ≥50%. Berdasarkan analisis hubungan kekerabatan fenetik, tanaman labu susu terbagi menjadi 2 kluster. Labu susu G2 LH PIAT dan G3 SH Jamusan memiliki kekerabatan dekat dengan tingkat similaritas ≥80% dan tidak berbeda nyata dalam taraf signifikansi 95% sedangkan labu susu G1 SH PIAT berkerabat cukup jauh karena berbeda nyata dengan G2 dan G3. Penelitian ini dapat digunakan sebagai sumber informasi ilmiah dan pedoman pemilihan bibit unggul dalam pemuliaan tanaman labu susu. (Hetty Nopianasanti)