Sudah kita ketahui semua bahwa hampir semua kelompok organisme eukariot memiliki lebih dari satu pasang kromosom, kecuali Myrmecia pilosula yang hanya memiliki 1 pasang kromosom. Perbedaan lainnya adalah, kelompok organisme prokariot tidak memiliki kompartemen sel sedangkan pada eukariot, sel memiliki kompartemen sehingga terdapat membran inti yang memisahkan antara sitoplasma dengan komponen nukleus. Namun, Prof. Xiaoli Xu bersama mahasiswanya dari Chinese Academy of Science berhasil menemukan metode bagaimana 16 kromosom Saccharomyces cerevisiae (BY4742) difusikan menjadi 1 kromosom yang fungsional (SY14).
Tantangan dalam penelitian ini adalah pada proses fusi pada 16 kromosom yang memiliki ukuran berkisar antara 230 – 1500 kb. Selain itu, perlu menghilangkan 15 sentromer serta 30 telomer sehingga hanya terdapat 1 kromosom dengan 1 sentromer dan 2 telomer. Proses fusi tersebut dilakukan menggunakan CRISPR-Cas9.
Analisis transkriptom dan phenom antara BY4742 dengan SY14 dilakukan untuk mempelajari efek dari fusi kromosom. Hasil menunjukan bahwa, transkriptom SY14 hampir mendekati dengan BY4742, hanya terdapat perbedaan ekspresi dari 0,5% atau 28 gen dari 5815 gen fungsional yang mengkode protein pada S. Cerevisiae . Hasil lainnya menunjukan diduga terdapat Telomere Position Effect (TPE) sehingga merubah regulasi dari ekspresi gen-gen tersebut, seperti (YFR057W, MAL11, THI5, YOL163W, YOL162W, SEO1 and VTH1) yang teramati ekspresinya meningkat dan (ERR2, HSP32, FEX2, YPL277C and MPH3) yang termati ekspresinya menurun.
Hasil Penelitian ini mengawali pendekatan alternatif dalam upaya untuk mempelajari evolusi struktur dan fungsi kromosom eukariot. Selain itu, fungsi dan regulasi dari komponen kromosom seperti telomer, sentromer, kinetokor dapat diinvestigasi lebih dalam. Rekombinasi pada proses meiosis pun menjadi objek kajian yang menarik saat organisme eukariot hanya memiliki 1 kromosom.
Penelitian tentang adanya 1kromosom yang berfungsi dengan baik atau fungsional sangatlah keren sekali tentunya dapat mendapatkan pengetahuan baru bahwa kromosom ternyata dapat diekspresikan dan semoga ilmu pengetahuan terus maju dengan adanya penelitian2 baru ?
Teknologi CRISPR-Cas9 digunakan karena teknologi ini dapat memfasilitasi pengeditan genom dengan target dalam jumlah banyak yang menggunakan satu enzim nuklease (Cas9). Cas 9 ini yang akan memotong DNA target.
Teknologi CRISPR-Cas 9 digunakan karena berdasarkan literatur yang saya baca, teknologi ini dapat memfasilitasi pengeditan genom dengan target banyak gen dengan menggunakan satu enzim yaitu enzim nuklease (Cas9), dimana Cas 9 ini yang berfungsi memotong DNA target.
28 gen yang berbeda ekspresi itu apakah memiliki pengaruh signifikan terhadap regulasi organisme tersebut ?
Pada penelitian ini digunakan metode CRISPR/Cas9 untuk melakukan fusi. Seperti yang diketahui CRISPR adalah sebuah bagian dari kekebalan tubuh bakteri E-Coli dimana komponen ini mampu mengenali dan mengcopy sekuen virus yang menyerang bakteri ini sehingga ketika virus tersebut menyerang kembali, bakteri ini mampu mempertahankan dirinya. Sedangkan cas9 adalah bagian dari enzim crispr associated protein yang mampu memotong DNA. Keduanya baik CRISPR maupun cas9 pada sistem fusi bekerja dengan memotong DNA dan menyalinnya ke dalam gen yang diinginkan. Namun, metode ini memiliki kelemahan bahwa tidak setiap gen yang disalin akan terjamin tahan terhadap mutasi akibat faktor eksternal maupun internal. Berdasarkan penelitian yang dilakukan Prof. Xiaoli Xu tersebut pun menunjukkan bahwa terdapat TPE yang merubah regulasi dari ekspresi gen tersebut. Dengan demikian bagaimana mungkin hal ini dapat efektif menjadi sebuah studi evolusi, ketika perubahan yang dilakukan justru tidak signifikan terhadap ekspresi gen original dari S. cereviseae? Apakah mungkin terjadi penolakan oleh masing-masing gen kromosom saat hendak dilakukan fusi?
Pak, dibagian metode dari artikel tersebut, salah satu tahapan metode yang dipakai adalah telomere southern blot. Setelah saya baca, southern blot sendiri adalah metode untuk keberadaan sekuens DNA tertentu dan memindahkannya ke membran (dalam penelitian ini, yang dipindahkan telomere). Nah, dalam metode ini kan digunakan sebuah probe dna, namun saya belum bisa memahami sebenarnya probe ini apa dan bagaimana fungsinya dalam metode southern blot. Mohon penjelasannya, terimakasih
Menarik sekali. Berarti dari ke-16 kromosom yang difusikan menjadi 1 kromosom super tersebut apakah 1 kromosom tersebut memiliki perbedaan dalam bentuk, ukuran, atau kualitas dari 16 kromosom lain yg belum difusikan? Terima kasih.
Menarik sekali. Berarti apakah 1 kromosom “super” yang telah difusikan dari 16 kromosom sebelumnya itu memiliki bentuk, ukuran, dan kualitas yang lebih baik dari 16 kromosom yang sebelum difusikan ? Terima kasih
Merujuk dr jurnal, dalam video tesebut dijelaskan bahwa genom S. cerevisea memiliki sepertiga kesamaan dengan genom manusia sehingga dpt dikembangkan lebih lanjut pengembangan penelitian mengenai penyakit genetika (genetic disease). Kira2 penyakit genetika manusia macam apa yg memiliki keterkaitan dengan penyakit genetika jamur ragi tempe tersebut?
Merujuk pada jurnal, dalam video tersebut dijelaskan bahwa genom S. cerevisiae memilik sepertiga kesamaan dengan genom manusia dan dapat mengembangkan penelitian lbh lanjut mengenai penyakit genetik (genetic disease). Kira2 penyakit genetik manusia macam apa yg berkaitan dengan penyakit genetik jamur ragi tempe tersebut?
16kromosom yang difusikan menjadi 1 kromosom akankah berpengaruh pada jumlah kromosom keturunannya??
Assalamu’alaikum pak. Ijin bertanya terkait hasi dari penelitian tersebut. Terjadinya TPE yang meubah regulasi ekspresi gen sehingga ada ekpresi yang meningkat dan menurun itu apakah akan berpengaruh terdapat karakteristik dari Saccharomyces cerevisiae ? Terimakasih pak
Dalam proses fusi 16 kromosom sehingga dapat diperoleh 1 kromosom dengan 1 sentromer dan 2 telomer dilakukan dengan menggunakan CRISPR-Cas9. Apa sih CRISPR-Cas9 itu sendiri?
CRISPR associated proteins yang
disingkat menjadi Cas adalah enzim
endonuklease yang dihasilkan oleh gen dari
“cas operon”. Gen cas terdapat dua kelas,
yakni kelas 1 yang merupakan sistem
kompleks untuk memotong materi genetik
asing, sedangkan kelas 2 hanya menggunakan protein tunggal dengan tujuan yang sama. Masing-masing kelas tersebut dibagi lagi menjadi tipe cas (Staals et al. 2013).
Komponen protein Cas9 tersusun atas
empat yakni terdiri dari dua domain protein
utama yakni REC dan RuvC.REC dan RuvC dihubungkan oleh daerah yang kaya akan asam amino arginin (warna biru). Sementara dua komponen berikutnya
yakni HNH dan PAM (ProtosapecerAdjacent Motif) yang merupakan urutan DNA yang tersusun 2-6 bp (Song et al. 2016). Fungsi masing-masing komponen Cas9 yakni REC dan NHN berfungsi sebagai endonuklease (memotong DNA); RuvC berfungsi sebagai daerah sisi pengenalan (recognition site); PAM berfungsi untuk menyisipi urutan DNA target dengan segera ketika Cas9 mengenali DNA asing yang dijadikan target. PAM juga sebagai pengunci dalam proses sistem CRISPR/Cas9.Sistem CRISPR-Cas9 adalah dua komponen penting yang sinergis untuk menghancurkan materi genetik asing. Secara alami, pada saat bakteri atau archaea terinfeksi materi genetik asing seperti bakteriofag, maka proses kerja CRISPR-Cas9 ada tiga mekanisme utama yakni akuisisi DNA, pemrosesan crRNA, dan interferensi (Song et al. 2016).
Sumber :
Staals, R.H.J. et al., 2013. Structure and
Activity of the RNA-Targeting Type III-B CRISPR-Cas Complex of
Thermus thermophilus. Molecular Cell,
52(1), pp.135 -138.
Song, G. et al., 2016. CRISPR/Cas9: A
powerful tool for crop genome editing.
The Crop Journal, 4(2), pp.75–82.
Perubahan aktivitas ekspresi gen-gen yang meningkat (YFR057W, MAL11, THI5, YOL163W, YOL162W, SEO1 dan VTH1) dan menurun (ERR2, HSP32, FEX2, YPL277C dan MPH3) pada S.cerevisiae (italic) berarti akan merubah proses metabolisme organisme tersebut kan? Lalu bagaimana dengan fenotip yang ditimbulkan apakah berubah secara drastis atau tidak demikian?
Dari jurnal, digunakan teknologi CRISPR-Cas9 karena teknologi ini dapat memfasilitasi pengeditan genom dengan target dalam jumlah banyak yang menggunakan satu enzim nuklease (Cas9) dengan cara fusi. Cas 9 ini yang akan memotong DNA target. Dari hasil didapatkan 16 kromosom yang difusikan menjadi 1 kromosom, apakah akan berpengaruh pada jumlah kromosom pada keturunannya?
Berdasarkan dari sumber yang saya baca, CRISPR-Cas9 adalah intinya memotong DNA target yang hendak difusikan. Lalu bagaimana kriteria DNA yang dapat berfusi pak? Apakah semua DNA pada makhluk hidup pada dasarnya dapat difusikan? Atau hanya DNA tertentu seperti yang dimiliki oleh bakteri diatas? Lalu bagaimana apabila terdapat ketidakcocokan atau DNA tersebut gagal berfusi? Mohon dijelaskan kembali pak, Terimakasih
Apakah 1 kromosom.yang dihasilkan dari fusi 16 kromosom tersebut dapat berfungsi optimala dalam proses genetika?dan apakah kromosom ini memiliki efek tertentu yang bisa berpengaruh terhadap keturunannya?terimakasih
Apakah S. Cerevisiae dengan 1 kromosom fungsional yang telah difusikan ini lebih unggul dari S. Cerevisiae dengan 16 kromosom?
Bagaimana cara regulasi dari ekspresi gen-gen dari 1 kromosom fungsional, perbedaan ekspresi dari 28 gen tersebut apakah memberikan pengaruh yang besar?
Berdasarkan sumber yang saya baca, metode CRISPR-Cas9 intinya adalah memotong fragmen DNA yang kemudian akan disatukan atau difusikan. Hal yang menjadi pertanyaan saya pak, apakah pada dasarnya semua DNA pada makhluk hidup dapat difusikan? Apabila tidak, kriteria DNA yang seperti apa yang bisa berfusi, apakah hanya dimiliki oleh golongan prokariotik seperti bakteri di atas? Lalu bagaimana apabila DNA yang akan difusikan gagal bergabung, apakah menyebabkan kematian / lethal pada organisme tersebut? Terimakasih Pak.
CRISPR Cas 9 merupakan alat penyunting gen dimana enzim Cas 9 memotong DNA kemudian CRISPR akan menunjukan bagian DNA yang akan dipotong tersebut . Maaf Pak saya ingin bertanya bagaimana mekanisme CRISPR/Cas 9 apabila diterapkan ke dalam sel sel sistem imun manusia untuk mengatasi berbagai macam kelainan genetik ? .Terima kasih
CRISPR adalah bagian dari proses fisiologis bakteri yang merupakan sistem kekebalan/imunitas dari bakteri. Sedangkan cas9 adalah nuklease atau enzim khusus yang mampu memotong DNA. Sehingga sistem CRISPR-Cas9 ini adalah komponen penting untuk menghancurkan materi genetik asing seperti bakteriofag. Pada penelitian ini terdapat perbedaan ekspresi pada 28 gen yang mengkode protein, perubahan ekspresi gen ini diduga karena adanya TPE sehingga merubah regulasi dari ekspresi gen-gen tersebut sehingga ada yang ekspresi gen meningkat namun juga ada yang menurun. Mengapa hal itu bisa terjadi? Apakah ada pengaruh terhadap bakteri tersebut?
Apakah S. Cereviceae dengan 1 kromosom fungsional hasil fusi lebih unggul dari S. Cereviceae dengan 16 kromosom?
Bagaimana cara regulasi dari ekspresi gen-gen oleh 1 kromosom fungsional, perbedaan ekspresi dari 0,5% (28) gen yang mengkode protein pada S. Cerevisiae tersebut apakah berpengaruh signifikan?
Apakah teknik tersebut dapat diaplikasikan dengan jumlah kromosom yg lebih banyak? Dan juga apakah jumlah dari kromosom yang akan difusi dapat berpengaruh pada ekspresi gen yang akan dihasilkan? Terimakasih
Sebenarnya, apa itu pfge yang dipakai dalam penelitian?
Apa itu pfge yang dipakai dalam penelitian jurnal tersebut?
Apakah dengan menggunakan metode yang sama dapat dilakukan fusi kromosom pada spesies lain selain Saccharomyces cerevisiae, misalnya pada hewan atau bahkan manusia?
Apakah dengan menggunakan metode yang sama dalam fusi kromosom dapat digunakan pada spesies lain selain Saccharomyces cerevisiae seperti pada hewan atau manusia??
Apakah dengan menggunakan metode yang sama dalam fusi kromosom dapat digunakan pada spesies lain selain Saccharomyces cerevisiae seperti pada hewan atau manusia?
Sangat menarik. Seperti yang kita ketahui Saccharomyces cerevisiae merupakan salah satu spesies ragi yang juga meruapakan salah satu yang paling intensif dipelajari eukariotik model organisme dalam molekul dan biologi sel. Menjadi mikroorganisme jenis yang paling umum dari fermentasi yang kemudian bisa dikembangkan atau membantu dalam berbagai pembuatan produk bermutu tinggi dengan mikroorganisme ini. Secara sederhananya saja, yang terlintas di pikiran saya adalah apakah untuk keturunan selanjutnya akan menghasilnya keturunan dengan kualitas dan dapat dimanfaatkan untuk menjadi produk dengan fungsi yg sama? Karena tentunya akan memengaruhi hasil jumlah kromosom pada keturunannnya, dimana seperti yang kita tahu bahwa kromosom itu merupakan pembawa gen, dan dalam metodenya pun menggunakan CRIS-PR Cas9 dimana dia bekerja dengan memotong DNA target pada prinsipnya.
Apakah dengan menggunakan metode yang sama dapat diaplikasikan pada spesies lain seperti pada hewan atau manusia?
Berdasarkan literature yang saya baca, teknologi CRISPR-cas9 ini memiliki bagian protein yang disebut cas9 yang mampu mencari dan memotong DNA serta mampu mengedit genom dalam jumlah yang banyak. pertanyaan saya, bila sistem ini diaplikasikan apakah tidak terjadi serangan sistem autoimun sehingga menyebabkan sistem ini bunuh diri?
terima kasih
Mengenai penggabungan 16 kromosom tersebut, apakah nantinya berpengaruh pada kromosom anakannya? Lalu apakah satu kromosom yang fungsional yang digabung dari 16 kromosom akan berpotensi mengalami mutasi nantinya? Terimakasih pak??
Berdasarkan literature yang saya baca,teknologi CRISPR-cas9 ini memiliki bagian protein yang disebut cas9, yang mampu mencari, memotong DNA bahkan mengedit genom dalam jumlah yang banyak. namun apakah ketika sistem ini diaplikasikan tidak terjadi perlawanan dari sistem autoimun sehingga menyebabkan sistem tersebut bunuh diri? lalu apakah efeknya bila hal tersebut terjadi?
terima kasih
Menurut sumber sumber yang saya baca. Teknologi CRISPR telah terbukti dapat memfasilitasi pengeditan genom dengan target banyak gen dengan menggunakan hanya satu enzim nuklease (Cas9). Dengan pencarian menggunakan komputer, prediksi menggunakan sekuen guide berukuran 20 bp mengidentifikasi lebih dari tiga juta sekuen dalam genom dan cDNA padi yang dapat menjadi target sgRNA, yang berarti rata-rata hampir sembilan target tiap cDNA-nya, bahkan bila prediksinya menggunakan sekuen guide berukuran 19–21 bp, dapat diidentifikasi rata-rata 32 target per cDNA-nya.
Sebuah pengetahuan baru yang saya terima terkait produk hasil rekayasa genetika ?
Menurut sumber sumber yang saya baca. Teknologi CRISPR telah terbukti dapat memfasilitasi pengeditan genom dengan target banyak gen dengan menggunakan hanya satu enzim nuklease (Cas9). Dengan pencarian menggunakan komputer, prediksi menggunakan sekuen guide berukuran 20 bp mengidentifikasi lebih dari tiga juta sekuen dalam genom dan cDNA padi yang dapat menjadi target sgRNA, yang berarti rata-rata hampir sembilan target tiap cDNA-nya, bahkan bila prediksinya menggunakan sekuen guide berukuran 19–21 bp, dapat diidentifikasi rata-rata 32 target per cDNA-nya.
Sebuah pengetahuan baru yang saya terima terkait produk hasil rekayasa genetika ?
Pada penelitian ini dilakukan pemeriksaan nomor kromosom menggunakan Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). Metode PFGE ini berorientasi dari medan listrik dengan periode yang teratur yang menyebabkan DNA yang berukuran besar dapat terpisah dengan DNA yang berukuran kecil. Merujuk dari jurnal, penelitian ini dilakukan untuk membuat 16 kromosom dari Saccharomyces cerevisiae *italic menjadi 1 kromosom yang besar dengan teknik pemisahan menggunakan PFGE. Apakah 1 kromosom yang besar tersebut memiliki sifat yang berbeda dengan 16 kromosom sebelumnya?
Kira2, apakah organisme Saccharomyses cerevisiae dgn struktur 1 kromosom fungsional tersebut dapat mempertahankan sifat filialnya yang fertil? Sehingga proses reproduksi tetap dapat berjalan secara alamiah tanpa bantuan pemuliaan oleh manusia di Laboratorium..
Pada penelitian ini dilakukan pemeriksaan nomor kromosom menggunakan Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). Metode PFGE ini dipilih karena berorientasi dari medan listrik yang memiliki periode yang teratur sehingga menyebabkan DNA yang berukuran besar dapat terpisaha. Merujuk dari jurnal, penelitian ini dilakukan untuk membuat 16 kromosom dari Saccharomyces cerevisiae *italic menjadi 1 kromosom yanh besar. Apakah 1 kromosom yang besar tersebut memiliki sifat yang sama dengan 16 kromosom sebelumnya?
Penelitian yang dilakukan sangatlah bagus. Membuka jendela baru untuk penelitian-penelitian genetika kedepannya. Dari hasil penelitian yang telah dilakukan diketahui bahwa perbedaan ekspresi gen dalam pengkodean protein pada Saccharomyces cereviseae hanya sekitar 0,5% antara BY4742 dengan SY14. Selain itu dari fusi yang dilakukan terdapat efek yg disebut Telomere Position Effect. Sehingga merubah regulasi ekspresi gen-gen tertentu yang menyebabkan ekspresi gen ada yang meningkat dan menurun. Izin bertanya pak, Apakah perubahan regulasi gen-gen tertentu tersebut memiliki pengaruh yang signifikan dalam perubahan fungsi ekspresi gen secara keseluruhan? Maaf pak jika saya masih sedikit belum mengerti bagaimana metode fusi dengan menggunakan CRISPR-Cas9 bekerja. Mohon penjelasannya pak. Terimakasih pak
Menurut saya ini merupakan suatu langkah maju dalam dunia genetika yang patut untuk di apresiasi, seperti yg sudah dijelaskan bahwa penelitian ini dapat mengawali pendekatan alternatif dalam mempelajari evolusi struktur dan fungsi kromosom eukariot. Yang menjadi tantangan selanjutnya yaitu apakah dengan metode ini juga dapat diterapkan kepada objek biologis lain selain Saccharomyces cerevisiae, dan pengembangan metode selanjutnya dalam ilmu genetika
Apakah dampak dari penggabungan 16 kromosom menjadi 1 kromosom yang fungsional saja? Atau akan terjadi pada kombinasi gen yang menjadi lebih sedikit karena jumlah kromosomnya juga semakin sedikit?
Apakah dampak dari penggabungan 16 kromosom menjadi 1 kromosom yang fungsional saja? Atau apakah kombinasi gen menjadi lebih sedikit karena jumlah kromosomnya juga semakin sedikit?
Sebuah ilmu baru yang tentunya menarik untuk dikaji lebih mendalam. Organisme S. cereviceae (italic) lebih maju daripada bakteri, apakah perubahan 16 kromosom menjadi 1 “super” kromosom akan mengubah bentuk dan fungsi – fungsi sel? Sebagaimana diketahui perannya dibidang bioteknologi dan fermentasi kimia
Apakah dalam proses fusi pengurangan sentromer dan telomer dengan jumlah tertentu memiliki pengaruh signifikan? Haruskah dengan jumlah 15 sentromer?
Terobosan penelitian yang luar biasa!
Namun apakah hal tersebut (fusi kromosom) dapat mempengaruhi fenotip dari bakteri S.cerevisiae dan mempercepat proses evolusi pak? Terimakasih pak
Topik mengenai fusi gen ini menarik karena membuka peluang pengembangan-pengembangan bioteknologi berdasarkan fusi gen dan meningkatkan pemahaman mengenai gen eukariot itu sendiri. Saya ingin bertanya, apakah dengan 1 kromosom fungsional tersebut memungkinkan organisme tersebut untuk bertahan hidup sebagai mana sebelumnya atau menjadi gmo baru? Apakah mungkin ia dibiakkan dengan organisme sejenis yang mengalami fusi gen juga? Adakah kemungkinan gen hasil fusi ini dapat diuraikan kembali? Terimakasih.
Topik mengenai fusi gen ini menarik karena membuka peluang pengembangan-pengembangan bioteknologi berdasarkan fusi gen dan meningkatkan pemahaman mengenai gen eukariot itu sendiri. Saya ingin bertanya, apakah dengan 1 kromosom fungsional tersebut memungkinkan organisme tersebut untuk bertahan hidup sebagai mana sebelumnya atau menjadi gmo baru? Apakah mungkin ia dibiakkan dengan organisme sejenis yang mengalami fusi gen juga? Apakah ada kemungkinan hasil fusi gen ini dapat diuraikan? Terimakasih
Topik mengenai fusi gen ini menarik karena membuka peluang pengembangan-pengembangan bioteknologi berdasarkan fusi gen dan meningkatkan pemahaman mengenai gen eukariot itu sendiri. Saya ingin bertanya, apakah dengan 1 kromosom fungsional tersebut memungkinkan organisme tersebut untuk bertahan hidup sebagai mana sebelumnya atau menjadi gmo baru? Apakah mungkin ia dibiakkan dengan organisme sejenis yang mengalami fusi gen juga? Apakah ada kemungkinan hasil fusi gen ini dikembalikan ke jumlah kromosom aslinya? Terimakasih
Penelitian yang sangat menarik bahkan belum pernah terpikirkan sebelumnya. Sangat bermanfaat dan memacu perkembangan lebih lanjut di bidang genetika. Mengenai penelitian tersebut, diperoleh bahwa transkriptom SY14 hampir mendekati BY4742, hanya terdapat perbedaan ekspresi dari 0,5% atau 28 gen dari 5815 gen fungsional yang mengkode protein pada S. Cerevisiae. Hasil lainnya diduga terdapat Telomere Position Effect (TPE) sehingga merubah regulasi dari ekspresi gen-gen tersebut, seperti (YFR057W, MAL11, THI5, YOL163W, YOL162W, SEO1 and VTH1) yang teramati ekspresinya meningkat dan (ERR2, HSP32, FEX2, YPL277C dan MPH3) yang termati ekspresinya menurun. Mengenai hasil tersebut, apakah perubahan yang terjadi dapat memberikan dampak yang signifikan bagi S. Cerevisiae secara fenotipik? Dan apakah manfaat besar kedepannya melalui efisiensi kromosom ini? Terima kasih
Penelitian yang sangat menarik bahkan belum pernah terpikirkan sebelumnya. Sangat bermanfaat dan memacu perkembangan lebih lanjut di bidang genetika. Mengenai penelitian tersebut, diperoleh bahwa transkriptom SY14 hampir mendekati BY4742, hanya terdapat perbedaan ekspresi dari 0,5% atau 28 gen dari 5815 gen fungsional yang mengkode protein pada S. Cerevisiae. Hasil lainnya diduga terdapat Telomere Position Effect (TPE) sehingga merubah regulasi dari ekspresi gen-gen tersebut, seperti (YFR057W, MAL11, THI5, YOL163W, YOL162W, SEO1 and VTH1) yang teramati ekspresinya meningkat dan (ERR2, HSP32, FEX2, YPL277C dan MPH3) yang termati ekspresinya menurun. Mengenai hasil tersebut, apakah perubahan yang terjadi dapat memberikan dampak yang signifikan bagi S. Cerevisiae secara fenotipik? Dan apakah manfaat besar kedepannya melalui efisiensi kromosom ini? Terima kasih
Berdasarkan hasil dari penelitian dalam jurnal tersebut yang saya baca, dalam penelitian tersebut fusi kromosom melibatkan enam belas kromosom menyebabkan hilangnya sebagian besar interaksi antar-kromosom yang terlihat dalam sel orang tua, yang mengarah ke perubahan yang ditandai dalam
struktur 3D kromosom keseluruhan. Lalu bagaimana jika seandainya terjadi mutasi pada S. cerevisiae dengan satu kromosom raksasa tersebut saat pembelahan sel secara meiosis atau mitosis seperti itu, Pak? Apakah akan berpengaruh besar pada keturunan S. cerevisiae tersebut selanjutnya?
Dalam penelitian tersebut digunakan metode salah satunya dengan CRISPR Cas9, yang memfasilitasi fusi kromosom, dari 16 difusikan menjadi 1. Berdasarkan artikel yang saya baca, CRISPR sendiri adalah bagian dari proses fisiologis bakteri, dan gen cas yang mampu mengkodekan nuklease atau helikase dengan enzim yang mampu memotong DNA.
Menarik sekali, izin bertanya pak, dengan adanya penyatuan kromosom tersebut, apakah informasi genetik yang terkandung di dalam kromosom tersebut juga akan berubah dan mengekspresikan gen yang berbeda pula?
Menarik sekali, izin bertanya pak, dengan adanya penyatuan kromosom tersebut, apakah informasi genetik yang terkandung di dalam kromosom tersebut juga akan berubah dan mengekspresikan gen yang berbeda pula?
Terima kasih
Hasil lainnya menunjukan diduga terdapat Telomere Position Effect (TPE) sehingga merubah regulasi dari ekspresi gen-gen tersebut, seperti (YFR057W, MAL11, THI5, YOL163W, YOL162W, SEO1 and VTH1) yang teramati ekspresinya meningkat dan (ERR2, HSP32, FEX2, YPL277C and MPH3) yang termati ekspresinya menurun. Nah, kenapa bisa ada yang meningkat dan ada yang menurun?
Hasil lainnya menunjukan diduga terdapat Telomere Position Effect (TPE) sehingga merubah regulasi dari ekspresi gen-gen tersebut, seperti (YFR057W, MAL11, THI5, YOL163W, YOL162W, SEO1 and VTH1) yang teramati ekspresinya meningkat dan (ERR2, HSP32, FEX2, YPL277C and MPH3) yang termati ekspresinya menurun. Nah, itu kenapa bisa ada yang meningkat dan ada yang menurun?
Metode CRISPR-cas9 merupakan metode yang memfasilitasi fusi kromosom. Dalam metode yang saya baca, produk – produk transformasi dilapisi media drop – out yang menghilangkan urasil, histidin, dan leusin. Mengapa demikian? Terimakasih sebelumnya
Apakah ada pengaruh terhadap pembelahan sel pada organisme yang digabungkan kromosomnya tersebut dan apakah ini akan mempengaruhi keberagaman spesies Saccharomyces cerevisiae serta berpengaruh terhadap fungsi metabolisme dari organisme tersebut?
metode penelitian ini menggunakan CISPR-Cas9 yang mana membantu pengeditan genom dan memfusikannya dengan cara memotong dna dan menyalinnya dalam gen yang ditargetkan. tapi sepertinya, gen yang disalin tetap beresiko mengalami gangguan/mutasi karena berbagai hal. jadi regulasi ekspresi gen tersebut dapat berubah.
Penelitian tersebut sangat menarik dan dapat dijadikan sebagai jendela baru untuk penelitian kedepannya. Hasil fusi kromosom tersebut menghasilkan 1 kromosom fungsional SY14, apakah struktur dan materi genetik dari SY14 tersebut masih sama dengan BY4742 ? lalu apakah kromosom SY14 tersebut memiliki fungsi yang jauh lebih baik daripada kromosom aslinya ?
Terima kasih atas suguhan resume jurnal tersebut, Pak. Setelah diperhatikan, pada resume tersebut tidak dijelaskan mengapa 16 kromosom Saccharomyces cerevisiae (BY4742) dapat difusikan menjadi satu kromosom. Selain itu, disebutkan juga bahwa basil penelitian tersebut merupakan upaya untuk mempelajari evolusi struktur dan fungsi kromosom eukariot. Mengenai kedua hal ini, saya ingin mengetahui apakah ada hubungan antara jumlah kromosom suatu organisme dengan tingkat evolusinya. Mohon penjelasannya akan kedua hal tersebut, terimakasih.
Terima kasih atas suguhan resume penelitiannya, Pak. Setelah diperhatikan, penelitian ini dilakukan fusi 16 kromosom menjadi 1 kromosom saja pada Saccharomyces cerevisiae (BY4742). Disini saya ingin meminta penjelesan mengapa ke-16 kromosom tersebut dapat difusikan tanpa adanya perubahan yang signifikan. Selain itu, disebutkan juga bahwa hasil penelitian ini merupakan upaya untuk mempelajari evolusi struktur dan fungsi kromosom eukariot. Saya juga ingin mengetahui apakah terdapat hubungan antara jumlah kromosom suatu organisme dengan tingkat evolusinya. Mohon penjelasannya pak, terima kasih.
Dari sumber yang saya baca, teknologi CRISPR memang teruji dapat memfasilitasi pengeditan genom dengan target banyak gen dengan menggunakan satu enzim nuklease (Cas9) yang nantinya akan memotong DNA target. Dari 16 kromosom yang telah berhasil difusikan menjadi 1 kromosom, apakah nantinya tidak akan berpengaruh kepada perubahan fenotipnya dan keturunannya? Kemudian apakah teknologi ini juga dapat diaplikasikan kepada kromoson hewan? Mohon penjelasannya?
Penelitian ini sangat luar biasa dan dapat dikaji lebih dalam untuk kepentingan genetika di masa yang akan datang. Metode fusi dengan menggunakan CRISPR/Cas9 telah menjadi alat penyunting gen yang sangat populer karena sederhana dan memiliki efisiensi yg tinggi. Namun menurut saya, perlu juga diperhatikan pada aspek komite etika dan pengaruhnya terhadap ekspresi gen yang akan diturunkan kepada keturunannya.
Hal tersebut merupakan suatu penelitian yang menarik, namun nantinya ketika suatu organisme yang diuji tersebut memiliki keturunan apakah kromosom yang sudah difusikan tetap fungsional seperti pada parentalnya? akankah kromosom yang telah difusikan tersebut memberikan dampak tersendiri bagi organismenya, baik dalam proses pembelahan dan perkembangannya?
Penelitian ini sangat menarik. Fusi16 kromosom ini dilakukan dengan metode CRISPR-Cas9. Metode ini sedang marak digunakan dalam dunia penelitian, terutama untuk rekayasa genetika. CRISPR (Cluster Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) adalah segmen DNA prokariotik dimanamengandung pengulangan singkat dari urutan basa. Pada setiap repetisi biasanya diikuti oleh segmen pendek atau spacer DNA dari eksposur sebelumnya.
saya kira ini sangat menarik dan merupakan satu langkah maju dalam bidang penelitian genetika. dimana output dari penelitian ini adalah sebagai pendekatan alternatif dalam mempelajari evolusi struktur dan fungsi kromosom eukariot. Yang menjadi tantangan adalah, apakah metode tersebut cukup efektif digunakan dalam percobaan dengan objek penelitian yang berbeda/ selain Saccharomyces cerevisiae, kemudian pengembangan metode untuk penelitian selanjutnya
assalamualaikum wr wb
saccharomyces cerevisiae*italic dapat digunakan dalam industri pangan dalam bentuk minuman keras misalnya,apakah dengan penggabungan kromosom tersebut dapat memberikan dampak positif terhadap minuman keras tersebut sehingga minuman keras tersebut layak diberi label halal?
dan untuk pertanyaan kedua, pada kasus AIDs dimana virua HIV yang menjadi penyebab nya yang merupakan problema besar bagi dunia.HIV menggunakan CCR5 atau protein lainnya untuk memasuki sel targetnya, CCR5 sendiri terletak pada kromosom 3 pada lengan pendek pada posisi 21,apabila hal tersebut jga di ujikan terhadap CCR5 apakah hal tersebut dapat mengatasi masalah AIDS yang ada di bumi ini? cukup sekian pertanyaan dari saya,apabila ada kesalahan mohon maaf
wassalamualaikum wr wb
Penelitian ini sangat membuka mata kita tentang rekayasa “penyimpanan data” mengenai seluruh sifat mahluk hidup. Pengurangan kromosom Saccharomyces *Italic sp. Dari 16 pasang menjadi 1 pasang kromosom fungsional masih perlu diteliti lebih lanjut lagi terkait dengan ekspresi dari beberapa gen yang berbeda setelah dikurangi jumlah kromosom tersebut. Dengan pengurangan jumlah kromosom maka hipotesisnya proses replikasi dan fase mitosis akan lebih cepat dan semakin efektif dan akan mempercepat siklus sel. Hal ini dapat dimanfaatkan untuk pemanfaatan jamur ini yang siklus pertumbuhannya lebih cepat. Kemudian dengan hanya 1 pasang kromosom kemungkinan sifat genetik dari jamur yang direkayasa ini tidak akan merusak tatanan genetik jamur lain di lingkungan seperti mutan lainnya, karena barrier kromosom yang menyebabkan ketika mereka bertemu tidak akan menghasilkan individu baru
Dalam jurnal, disebutkan metode yang digunakan untuk proses fusi kromosm tersebut adalah CRISPR-Cas9. Hasilnya menunjukkan pada transkriptom SY14 hampir mendekati dengan BY4742, hanya terdapat perbedaan ekspresi dari 0,5% atau 28 gen dari 5815 gen fungsional yang mengkode protein pada S. Cerevisiae. Hasil lainnya menunjukan diduga terdapat TPE sehingga merubah regulasi dari ekspresi gen-gen tersebut, ada yang meningkat dan menurun. Nah pertanyaannya, apa yang menyebabkan TPE dapat merubah regulasi gen gen tsb serta apakah berbahaya apabila trdapat penurunan terhadap gen tsb ?
Sepemahaman saya berdasarkan artikel tersebut, untuk menjelaskan manfaat dan kerugian evolusioner dari banyak kromosom, tim ilmuwan CAS di China menggabungkan 16 kromosom pada S. cerevisiae menjadi 1 kromosom besar dan mengamati apakah strain buatan ini bisa bertahan.
Para peneliti ini menggunakan alat pengeditan gen CRISPR / Cas9, untuk memfusikan kromosom.
Hasil menunjukkan bahwa menggabungkan 16 kromosom menjadi 1 kromosom besar memiliki pengaruh pada transkripsi gen.(Maaf pak, saya masih perlu penjelasan lebih lanjut mengenai pengaruhnya terhadap transkripsi gen). Menurut saya, pengorganisasian materi genetik ke dalam 1 kromosom mungkin bisa saja tidak berfungsi optimal.
Penelitian ini menghasilkan sesuatu yang sangat luar biasa. Hasil yang diperoleh dapat menjadi suatu inisiasi pengembangan hewan model laboratorium untuk mempelajari kelainan genetis maupun uji pengaruh obat terhadap perubahan materi genetik. Tentunya akan lebih memudahkan jika mempelajarinya dengan melakukan pengujian terhadap satu kromosom daripada beberapa set kromosom. Namun ada beberapa hal yang masih saya bingungkan mengenai hasil penelitian ini, apakah kromosom fungsional tersebut sudah bersifat diploid? Lalu bagaimana dengan proses meiosis pada reproduksi individu “artifisial” dengan cara seksual? terimakasih
Penelitian ini menghasilkan sesuatu yang sangat luar biasa. Hasil yang diperoleh dapat menjadi suatu inisiasi pengembangan hewan model laboratorium untuk mempelajari kelainan genetis maupun uji pengaruh obat terhadap perubahan materi genetik. Tentunya akan lebih memudahkan jika mempelajarinya dengan melakukan pengujian terhadap satu kromosom daripada beberapa set kromosom. Namun ada beberapa hal yang masih saya bingungkan mengenai hasil penelitian ini, apakah kromosom fungsional tersebut sudah bersifat diploid? Lalu bagaimana dengan proses meiosis pada reproduksi individu “artifisial” dengan cara seksual?
TPE (Telomeric Position Effect) terjadi karena adanya pembungkaman proses transkripsi yang terjadi terhadap gen2 yg terletak dekat telomer.
TPE (Telomeric Position Effect) pada ragi pertama diperkenalkan dengan menyisipkan suatu konstruksi yang mengandung penanda URA3 disebelah telomer. Penggabungan ini pada subtelometrik ADH 4, dekat dengan telomer VII-L, mengapus terminal 15 kb dr kromosom dan memposisikan promotor URA 3 dr telomer yg baru terbentuk. Kemudian menyebabkan telomer VII-L terpotong.
Sepemahaman saya berdasarkan artikel tersebut, untuk menjelaskan manfaat dan kerugian evolusioner dari banyak kromosom, tim ilmuwan CAS di China menggabungkan 16 kromosom pada S. cerevisiae menjadi 1 kromosom besar dan mengamati apakah strain buatan ini bisa bertahan.
Para peneliti ini menggunakan alat pengeditan gen CRISPR / Cas9, untuk memfusikan kromosom.
Hasil menunjukkan bahwa menggabungkan 16 kromosom menjadi 1 kromosom besar memiliki pengaruh pada transkripsi gen.(Maaf pak, saya masih perlu penjelasan lebih lanjut mengenai pengaruhnya terhadap transkripsi gen). Menurut saya, pengorganisasian materi genetik ke dalam 1 kromosom mungkin bisa saja tidak berfungsi optimal.
Dengan menyederhanakan sistem genom kompleks, penelitian ini memberikan pendekatan baru untuk mempelajari fungsi telomer di mana menurut beberapa sumber yang saya baca, panjang telomer berkaitan dengan penuaan dini, pembentukan tumor, dan penyakit lainnya. Telomer memendek ketika sel membelah, jika telomer tidak dapat memendek lagi maka sel akan mati. Dengan banyaknya jumlah kromosom yang dimiliki oleh makhluk hidup, maka jumlah telomer yang dimilikinya pun banyak, hal ini menyebabkan sulitnya menggambarkan setiap perubahan telomer atau reaksi terhadap obat-obatan. Tetapi hanya dengan satu kromosom dan dua telomer, akan lebih mudah untuk menemukan pola.
Penelitian ini juga dapat membuka jalan bagi spesies buatan manusia di masa depan karena ragi memiliki toleransi besar dalam modifikasi genetik sehingga mungkin untuk menambahkan segmen kromosom baru ke genom.
TPE (Telomeric Position Effect) terjadi karena adanya pembungkaman proses transkripsi yang terjadi terhadap gen2 yg terletak dekat telomer.
TPE pada ragi pertama diperkenalkan dengan menyisipkan suatu konstruksi yang mengandung penanda URA3 disebelah telomer. Penggabungan ini pada subtelometrik ADH 4, dekat dengan telomer VII-L, menghapus terminal 15 kb dr kromosom dan memposisikan promotor URA 3 dr telomor yang baru terbentuk. Kemudian telomer VII-L akan terpotong.
Pada penelitian tersebut, dilakukan analisis transkriptom dan phenom sebagai salah satu metodenya. Berdasarkan literatur yang saya baca, transkriptom adalah sekumpulan dari hasil akhir pembacaan gen pada suatu sel. Analisis transkriptom ini memungkinkan peneliti untuk dapat mengkarakterisasi aktivitas transkripsional, baik coding maupun non coding. Analisis ini berfokus pada suatu subset gen dan transkrip dari target yang sesuai, atau dari profil ribuan gen, sehingga dapat dipetakan gambaran secara global terhadap fungsi sel.
Baik analisis transkriptom dan phenom, pada penelitian tersebut, keduanya digunakan untuk mempelajari efek dari fusi kromosom. Lalu, bagaimana penjelasan untuk analisis phenom?
Penelitian yang dilakukan sangatlah menarik dimana 16 kromosom pada Saccharomyces cereviceae difusikan menjadi 1 kromosom yang menjadi awal pendekatan alternatif untuk mendapatkan ilmu baru tentang evolusi struktur dan funsii kromosom dari eukariotik. Dimana dari penelitian tersebut juga kita dapat mengetahui secara lebih dalam tentang fungsi dan regulasi dari komponen kromosom. Sebelumnya juga saya ingin bertanya pak perbedaan ekspresi 0,5% itu ditunjukkan dalam bentuk seperti apa? terimakasih pak